В соответствии с приказом Министерства образования Республики Беларусь специальности второй ступени высшего образования Гродненского государственного университета имени Янки Купалы были аккредитованы и получили сертификаты о государственной аккредитации специальностей второй ступени высшего образования (магистратуры).
Было аккредитовано 33 специальности магистратуры ГрГУ:
«Финансы, денежное обращение и кредит», «Отечественная история», «Психология», «Социология», «Мировая экономика», «Политология», «Юриспруденция», «Экономика и управление народным хозяйством», «Математические и инструментальные методы экономики», «Биология», «Физика», «Математика», «Радиофизика», «Всеобщая история», «Прикладная математика и информатика», «Экология», «Технология органических веществ», «Обработка конструкционных материалов в машиностроении», «Вычислительные машины и системы», «Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ», «Теория и методика обучения и воспитания (по областям и уровням образования)», «Теория и методика дошкольного образования», «Теория и методика физического воспитания, спортивной тренировки, оздоровительной и адаптивной физической культуры», «Общая педагогика, история педагогики и образования», «Музыкальное искусство», «Германские языки», «Романские языки», «Теория языка», «Сравнительно-историческое, типологическое и сопоставительное языкознание», «Прикладная и математическая лингвистика», «Литература народов стран зарубежья (с указанием конкретной литературы)», «Литературоведение», «Языкознание».
Первый набор в магистратуру ГрГУ состоялся в 1997 году, подготовка тогда велась по пяти специальностям.
Сегодня университет предлагает магистерскую подготовку по 7 направлениям: «Педагогика. Профессиональное образование», «Искусство и дизайн», «Гуманитарные науки», «Коммуникации. Право. Экономика. Управление. Экономика и организация производства», «Естественные науки», «Экологические науки», «Техника и технологии».
Всего за годы существования подготовлено 1052 магистра.
В этом году в магистратуру поступили 185 человек.