В начале Великой Отечественной войны Сергей Гайдучик находился на временно оккупированной территории. В 1941 году переехал из Бреста в Гродно. С марта 1942 по апрель 1944 года работал бухгалтером в Варшаве. С апреля 1944 года проживал в деревне Пословице Келецкого повета (Польша).

С 29 марта 1945 года Сергей Миронович Гайдучик был в рядах Красной Армии. Участвовал в боях, был разведчиком и переводчиком 69-й гвардейской стрелковой дивизии.

Сергей Гайдучик награжден медалями «За отвагу», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». Демобилизован 14 декабря 1945 года.

С 1946 по 1949 год в Гродненском педагогическом институте Сергей Миронович Гайдучик исполнял обязанности заведующего кафедрой немецкого языка. 4 мая 1949 года был арестован, осужден за сотрудничество с врагами во время оккупации.

Из наградного листа:

«От имени Президиума Верховного Совета Союза ССР наградить медалью «За отвагу» стрелка взвода нашей разведки красноармейца Сергея Мироновича Гайдучика за то, что он, работая переводчиком в период оборонительных боев с 1 апреля по 7 мая 1945 года на I-м Украинском фронте в районе города Нейсе, дважды провел агитацию среди войск противника через микрофон, в результате чего на нашу сторону перешли 2 немецких солдата. В период преследования противника с 8 по 12 мая 1945 года быстро и четко производил опрос пленных и мирных жителей и своевременно информировал командование о противнике.

25 мая 1945 года».

Из книги «Великая Отечественная война в судьбах сотрудников Купаловского университета», автор-составитель – Андрей Гецевич.