В 1941 году при эвакуации из Белостока Фёдор Ботян попал в окружение в районе деревни Ярошевичи Пружанского района Брестской области, жил у местного врача и работал разнорабочим.

20 июля 1943 года ушел в партизанский отряд имени Кирова Брестского партизанского соединения, где и находился до освобождения территории Красной Армией.

С 1944 по 1945 год Фёдор Денисович Ботян работал заместителем директора Гродненского педагогического института по хозяйственной части.

Из книги «Великая Отечественная война в судьбах сотрудников Купаловского университета», автор-составитель – Андрей Гецевич.