У пачатку Вялікай Айчыннай вайны Сяргей Гайдучык знаходзіўся на часова акупаванай тэрыторыі. У 1941 годзе пераехаў з Брэста ў Гродна. З сакавіка 1942 па красавік 1944 года працаваў бухгалтарам у Варшаве. З красавіка 1944 года пражываў у вёсцы Пасловіцы Кельцкага павета (Польшча).

З 29 сакавіка 1945 года Сяргей Міронавіч Гайдучык быў у шэрагах Чырвонай Арміі. Удзельнічаў у баях, быў разведчыкам і перакладчыкам 69-й гвардзейскай стралковай дывізіі.

Сяргей Гайдучык узнагароджаны медалямі «За адвагу», «За перамогу над Германіяй у Вялікай Айчыннай вайне 1941-1945 гг.». Дэмабілізаваны 14 снежня 1945 года.

З 1946 па 1949 год у Гродзенскім педагагічным інстытуце Сяргей Міронавіч Гайдучык выконваў абавязкі загадчыка кафедры нямецкай мовы. 4 мая 1949 года быў арыштаваны, асуджаны за супрацоўніцтва з ворагамі падчас акупацыі.

З ўзнагароднага ліста:

«Ад імя Прэзідыума Вярхоўнага Савета Саюза ССР узнагародзіць медалём "За адвагу" стралка ўзвода нашай разведкі чырвонаармейца Сяргея Міронавіча Гайдучыка за тое, што ён, працуючы перакладчыкам у перыяд абарончых баёў з 1 красавіка па 7 мая 1945 года на I-м Украінскім фронце ў раёне горада Нейсе, двойчы правёў агітацыю сярод войскаў суперніка праз мікрафон, у выніку чаго на наш бок перайшлі 2 нямецкіх салдаты. У перыяд пераследу суперніка з 8 па 12 мая 1945 года, хутка і выразна рабіў апытанне палонных і мірных жыхароў і своечасова інфармаваў камандаванне пра суперніка.

25 мая 1945 года».

З кнігі «Вялікая Айчынная вайна ў лёсах супрацоўнікаў Купалаўскага ўніверсітэта», аўтар-складальнік - Андрэй Гецэвіч.